Para evitar riscos a saúde e manter a limpeza da cidade, os moradores de moradores de São Francisco do Conde devem ficar atentos aos horários de coleta de lixo. Para que o lixo não passe muito tempo exposto e não prejudicar as vias públicas, os moradores devem conferir os horários de coleta em seus bairros/distritos e colocar o lixo, no máximo, 30 minutos de antecedência. A coleta é feita diariamente nos bairros, das 6h às 8h, e na sede, às 6h e às 16h. A SESP orienta que é importante que o lixo seja colocado no horário exato para evitar sujeira nas ruas.
De acordo com a Secretaria Municipal de Serviços Públicos (SESP), além de deixar a cidade com um aspecto ruim e mau cheiro, colocar o lixo em locais inapropriados e fora do horário de coleta, pode ocasionar o entupimento de bueiros em tempos de chuva e até facilitar a proliferação de mosquitos como o Aedes Aegypti, transmissor da dengue.
A SESP alerta ainda para a importância do descarte correto de alguns materiais a fim de evitar acidentes com os agentes coletores: vidros quebrados devem ser colocados dentro de um saco de lixo separado com adesivo indicando o material que tem ali dentro; Lâminas de barbear e tampas de lata de conserva devem ser descartados em recipientes resistentes a perfuração; Seringas e agulhas de injeção e outros materiais perfurantes devem ser descartados dentro de garrafas PET ou outros recipientes rígidos que não se rompam com facilidade ao ser descartado no lixo.