O Tribunal de Contas do Estado (TCE) de São Paulo, por meio de relatório, apontou um problema contábil existente no Instituto Butantan e o sumiço de R$ 8 milhões em bens do instituto. De acordo com o G1, o documento fez uma análise dos dados do órgão e aponta ainda inconsistências de valores, pagamento de multas por atraso e irregularidades no controle do almoxarifado da instituição.
O documento, baseado em dados de 2015 e finalizado em julho de 2016, foi produzido a partir da fiscalização de agentes em março de 2016. A Secretaria do Estado de Saúde de São Paulo divulgou uma auditoria de 186 páginas que encontrou, entre os anos de 2011 e 2014, um aumento de 1.350% no número de empregados na presidência do órgão, erros em processos de licitação e a construção de uma fábrica de derivados de sangue que nunca chegou a funcionar.
O Instituto Butantan é um centro de referência em pesquisas científicas no país. A instituição é ligada ao governo do estado.